A 19 de julho de 1901 chega festivamente a Pouso Alegre, vindo de Campinas, o Exmo. Sr. Dom João Batista Corrêa Nery, que tomou posse da Diocese no dia 21, entre grandes manifestações de júblilo. Sua Excelência confirmou no cargo de Reitor do Seminário o padre Antônio Pinto e nomeou alguns padres para os cargos da Cúria Metropolitana, sendo eles: padre João de Almeida Ferrão (Vigário Geral), padre Antônio Augusto Assis (Secretário do Bispado), Mons. Jerônimo Marty (Secretário das Visitas Pastorais), padre Joaquim Mamede da Silva Leite (Secretário Particular), padre Niceforo Corrêa de Morais (Ecômomo do Seminário e Procurador de Mitra), o menorista Octávio Chagas de Miranda (Chanceler da Mitra) e padre José Paulino de Andrade (Cura da Catedral). 

De julho de 1901 até fins de 1902, exerceu o cargo de Cura de Catedral o padre Joaquim Mamede da Silva Leite, que em 1901 fundou o Apostolado da Oração e em 23 de fevereiro de 1902 fundou a Conferência Vicentina de Nossa Senhora Auxiliadora. 

Entre os fatos imoprtantes realizados durante a administração de Dom João Nery, devido às suas iniciativas ou por ele impulsionados, podemos enumerar as seguintes:

– Em 21 de novembro de 1901 chegaram á Pouso Alegre os Reverendíssimos Missionários do Imaculado Coração de Maria, estabelecendo sua residência provisória a 8 de dezembro em um prédio pertencente ao bispado, na rua Afonso Pena;

– A 1º de janeiro de 1902, começou a publicar-se o órgão católico da Diocese, o “Semana Religiosa”;

– Em março de 1902, abriu-se a Escola Diocesana para instrução primária dos menores pobres;

– No dia 8 de abril de 1902, chegaram à Pouso Alegre as irmãs da Visitação, que abriram um colégio para meninas no dia 2 de junho em um prédio provisório, lançando-se a primeira pedra do edifício definitivo no dia 24 de maio de 1903;

– Em 15 de janeiro de 1903, começou a ser publicado o “Mensageiro Eclesiástico”, revista mensal destinada ao clero;

– Em janeiro de 1903, passa a ocupar o Curato da Catedral (até setembro de 1906) o padre Antônio Pinto, indo para a direção do Ginásio e Seminário Menor, o padre Joaquim Mamede;

– Agitando-se desde os fins de 1902 a transferência da sede da Diocese para Campanha, o Núncio Apostólico, Dom Júlio Tonti, chegou à Pouso Alegre em 20 de abril de 1903 a fim de verificar se havia razões para a aludida transferência. Para o mesmo fim dirigiu-se a Campanha e resolveu negativamente a questão, prometendo, entretando, satisfazer de outra forma as aspirações campanhenses. Em 24 de maio de 1903 inaugurou-se a capela de São José, anexa ao Seminário. Em 7 de janeiro de 1904, pelo Decreto nº 5.102, o Colégio Diocesano foi equiparado ao Ginásio Nacional, com dispensa da fiscalização prévia;

– Em 24 de maio de 1904 lançou-se a primeira pedra do novo edifício do Ginásio;

– No dia 5 de junho de 1904 inaugurou-se solenemente o novo Palácio Episcopal, cuja primeira pedra foi lançada em 20 de janeiro de 1903, tendo sido a construção promovida por uma comissão composta dos senhores padre Antônio Pinto, Comendador Cândido Antônio de Barros e Capitão Inácio de Loyola Pires;

– No dia 2 de fevereiro de 1905 fundou-se na Diocese a Confederação do Divino Espírito Santo, com o fim especial de favorecer as vocações eclesiásticas;

– No dia 2 de março de 1903 partiu para Roma o Exmo. sr. Dom João Nery, a fim de fazer a visita ad Limina, regressando a 3 de novembrodo mesmo ano;

– No dia 10 de agosto de 1905, na Colônia Francisco Sales, cuja direção fora confiada ao Bispo de Pouso Alegre por ato de 24 de janeiro, abriu-se uma Escola Agrícola para meninos pobres, funcionando até fins de 1906;

– Por decreto de 7 de setembro de 1905 foi equiparado às Escolas Normais do Estado o Colégio da Visitação;

– No dia 5 de dezembro de 1905, a Santa Sé confirmou São Sebastião como principal padroeiro da Diocese;

– No dia 8 de dezembro de 1905 inaugurou-se solenemente em Pouso Alegre, o Santuário do Coração de Maria, cuja primeira pedra fora lançada em primeiro de janeiro de 1903;

– Em 19 de janeiro de 1906 instalou-se o Cabido Diocesano de Pouso Alegre, criado de acordo com o Decreto da Sacrosanctum Concilium, de 7 de agosto de 1905;

– Em outubro de 1906 chegaram a Pouso Alegre as Irmãs de Nossa Senhora do Calvário para o serviço do Hospital São Vicente de Paulo, cuja inauguração se verificou no dia 8 de dezembro de 1903. Para manter esse hospital foi fundada a Associação de Caridade, tendo como presidente Dom João Nery;

– Em 28 de março de 1907 foi recebida em Pouso Alegre a grande notícia da nomeação do Exmo. Sr. Dom Antônio Augusto de Assis para Bispo titular de Sura e auxiliar do Exmo. Sr. Dom João Nery. No dia 17 de novembro de 1907 realizou-se com grandes festas a sagração do Exmo. Sr. Dom Antônio Augusto de Assis, sendo sagrante o Cardeal Arcoverde e assistentes os Exmos. Srs. Dom João Nery e Dom Eduardo Duarte Silva;

– Em 25 de abril de 1908, o Núncio Apostólico, Dom Alexandre Bavona, deu execução ao Decreto da Santa Congregação Consistorial de 8 de setembro de 1907, criando a nova Diocese de Campanha, desmembrada da Diocese de Pouso Alegre;

– No dia 3 de junho de 1908, o Exmo. Sr. Dom João Nery, nomeado administrador apostólico da nova Diocese de Campanha, fez a sua solene instalação nomeando Vigário Geral o Exmo. Monsenhor João de Almeida Ferrão, logo depois Bispo da nova Diocese.

Transferido para Campinas, deixou o Exmo. Sr. Dom João Nery a Diocese de Pouso Alegre no dia 30 de outubro de 1908, continuando, porém, como seu administrador apostólico. Entre os trabalhos desse benemérito e saudo Prelado, nos 8 anos de seu episcopado em Pouso Alegre, cumpre destacar o das visitas pastorais em todas as paróquias do território que lhe foi confiado e pelas quais espargiu os grandes benefícios da sua palavra admirável. Durante o episcopado de Dom Nery foram ordenados 24 sacerdotes, alunos do Seminário Diocesano.