O exmo. sr. Dom Antônio Augusto de Assis, que fora auxiliar de Dom João Nery, foi eleito bispo da Diocese de Pouso Alegre em 29 de abril de 1909, tendo tomado posse em 17 de novembro do mesmo ano. Nomeou como Vigário Geral o reverendíssimo Monsenhor Joaquim Mamede da Silva Leite e como Secretário do episcopado o reverendíssimo padre Benjamim Coelho. 

Ele dedicou-se particularmente, com grande empenho, a melhorar a situação financeira da Diocese e obter sacerdotes para o serviço paroquial e do Ginásio e Seminário. Para conseguir este segundo objetivo, partiu para a Europa em 22 de outubro de 1910, regressando em 17 de novembro de 1911. 

No dia 2 de fevereiro de 1911 chegou a Pouso Alegre a Madre Provincial das Irmãs Dorotéias para instalar um colégio de meninas. Para esse colégio passaram as regalias da equiparação às Escolas Normais do Estado, de que gosava o Colégio das Irmãs da Visitação, continuando estas Irmãs com o Mosteiro, mais tarde transferido para São Paulo. Foi neste tempo que se fundou, no referido Colégio, em 8 de dezembro de 1911, a Pia União das Filhas de Maria, sendo Diretor da mesma o Monsehor Joaquim Mamede. 

No dia 21 de maio de 1911 chegaram a Pouso Alegre os reverendíssimos Missionários do Sagrado Coração de Jesus, assumindo a direção do Ginásio Diocesano no dia 11 de julho. Esses religiosos, assim como as Irmãs Dorotéias, tinham sido convidados pelo exmo. Sr.  Dom Antônio de Assis, na viagem que fizera à Europa. 

Em agosto de 1913, Dom Antônio partiu novamente para a Europa, retornando em novembro. No dia 21 deste mesmo mês, com autorização da S.C. Consistorial, a residência episcopal em Guaxupé, para onde foi também transferido o Seminário. Em 15 de fevereiro de 1914 abriu-se o Ginásio Diocesano de Guaxupé sem prejuízo de Pouso Alegre, que continuava funcionando sob a direção dos padres Missionários do Coração de Jesus. Em 3 de fevereiro de 1916, pela Bula “Universallis Ecclesiae Procuratio”, o papa Bento XV instituiu a nova Diocese de Guaxupé, dando-lhe as mesmas divisas pelas quais se circunscrevia aquele território, na parte eclesiástica, exceto na parte meridional, onde a nova diocese confina com a de Pouso Alegre pelos limites meridionais das paróquias de Poços de Caldas, Campestre e Machado, as quais ficaram pertencendo à Guaxupé. 

Dom Antônio Augusto de Assis, nomeado bispo de Guaxupé em 7 de fevereiro de 1916, tomou posse em 28 de maio do mesmo ano, continuando como administrador apostólico de Pouso Alegre.

Além dos serviços referidos, o Exmo. Sr. Dom Antônio Augusto de Assis, em seu laborioso episcopado, visitou frequentemente as paróquias, reivindicou patrimônios, manteve a imprensa católica, ordenou 17 sacerdotes e, principalmente, se preocupou com a parte financeira da diocese, com tal dedicação, que pode anunciar em sua pastoral de despedida, em 28 de maio de 1916, que entregava a diocese ao seu sucessor sem ônus, assumindo a responsabilidade das dívidas que ainda restavam.